Et encore sous l'abbatiat de Gaspar Poncin, peu après le sac de Liège par le Téméraire, l'an 1470, trente paysans seulement s'étant mis sous la protection de saint Quirin, parvinrent à mettre en fuite une troupe de deux cents Limbourgeois, conduits par le seigneur de Gleumont, qui s'apprêtaient à leur enlever leur bétail ; «ceux-ci se trouvèrent tout à coup environnés d'un nuage fort épais et crurent voir saint Quirin en habits sacerdotaux, muni d'un bouclier et suivi d'une multitude de gens armés ; saisis d'épouvante, ils s'entretuèrent ; laissant là leur butin et le corps de leur chef, ils disparurent ; en mémoire de ce bienfait, les paysans vinrent rendre grâce à saint Quirin dans l'église abbatiale où repose son corps et suspendirent devant sa châsse un arc avec les menottes de fer, pris à l'ennemi».

Une nouvelle châsse fut établie par l'abbé Guillaume de Manderscheid qui régna de 1499 à 1546 ; mais le corps de saint Quirin n'y reposa pas longtemps ; elle fut emportée en 1587 avec d'autres trésors, par une bande de Gueux et les reliques furent jetées et dispersées. On les recueillit tant bien que mal ; un siècle plus tard, le 4 novembre 1689, Stavelot et Malmédy étaient incendiés par un parti de soldats français, venus de Luxembourg ; deux coffres d'ossements furent consommés par le feu ; on ne put sauver que ceux de saint Quirin et de saint Juste.


En 1698, le prieur, assisté du docteur Limbourg et de deux capucins, opéra la séparation des deux squelettes confondus; comme on savait que Quirin était de haute taille et Juste, un enfant de neuf ans, l'opération ne présentait pas de difficultés majeures; dés lors, on exposa les deux corps dans des châsses distinctes que l'on promenait en ville tous les sept ans. Celle de saint Quirin se voit toujours en bonne place dans l'éphémère cathédrale de Malmédy; elle est surmontée d'un ange qui la montre du doigt et d'une statue du saint tenant son scalp de la main gauche et, de la droite, l'extrémité de l'étole enroulée autour du dragon ailé subjugué. Si l'on songe que le monastère double de Stavelot-Malmédy possédait, non loin d'Houdrémont, des pêcheries sur la Meuse au village de Chooz (aujourd'hui, centrale nucléaire) et les bois St. Remacle vers Wellin, on s'étonnera moins du choix fait de saint Quirin comme patron lors de l'érection de la chapelle-annexe où se conserve encore aujourd'hui son culte traditionnel; tandis que plus rien ne semble le rappeler dans la vallée de l'Epte où il prit naissance.